Si vos données sont fortement reliées entre elles (clients, commandes, produits, factures, stocks) et si vous devez les interroger selon des axes variés, le modèle relationnel est le plus naturel. Les jointures, les contraintes d'intégrité et les transactions multi-tables sont au cœur de PostgreSQL.
Si vos données sont des objets autonomes à structure variable (profils, événements, catalogues hétérogènes, contenus), le modèle document évite de multiplier les tables et les migrations de schéma. MongoDB permet aussi de valider un schéma par collection lorsque la rigueur devient nécessaire.
Notez que PostgreSQL gère très bien les données semi-structurées grâce au type JSONB, indexable et interrogeable. Pour beaucoup de projets, une base relationnelle avec quelques colonnes JSONB couvre le besoin de flexibilité sans renoncer aux garanties relationnelles ni ajouter un second moteur.